山东工商学院内设机构共48个。
一、党政管理机构20个，分别为：党委办公室（挂院长办公室、党委巡察办牌子）、组织部（挂党校牌子）、宣传部（挂教师工作部牌子）、统战部、学生处（挂学生工作部、武装部牌子）、人事处、教务处、发展规划处（挂学科建设办公室牌子）、科研处、研究生处、国际合作与交流处、招生就业处、财务处、审计处、后勤管理处、资产管理处、基建处、保卫处、离退休工作处、信息化建设办公室。
二、教学机构18个，分别为：管理科学与工程学院（挂山东应急管理学院牌子）、工商管理学院、会计学院、公共管理学院（挂公益慈善学院牌子）、经济学院、金融学院（挂财富管理学院牌子）、统计学院、法学院、外国语学院、数学与信息科学学院（挂大数据学院牌子）、信息与电子工程学院、计算机科学与技术学院（挂人工智能学院、服务外包软件学院牌子）、人文与传播学院、国际商学院、马克思主义学院、创新创业学院（挂区块链应用技术学院牌子）、体育教学部、继续教育学院。
三、科研机构5个，分别为：煤炭经济研究院、半岛经济研究院、东亚社会发展研究院、金融研究院、儒商研究院。
四、教辅机构5个，分别为：图书馆、校友联络服务中心、学报编辑部、综合档案室、校医院。
纪检监察机构按有关规定设置。
